Ο Scott και ο Greer φαίνεται ότι σκοτώθηκαν, ενώ την ίδια ώρα στο Destiny ο Rush προσπαθεί να καταφέρει να οδηγήσει τις δυνάμεις των Lucian να παραδοθούν. Η T.J. βρίσκεται μαζί με το μωρό της σε έναν πλανήτη εξωγηίνων.

Ο Rush αποκτά μυστικά πρόσβαση στην κρυμμένη γέφυρα του σκάφους και μαζί με το Destiny πηγαίνουν να βρουν φαγητό σε έναν κοντινό πλανήτη. Ο Young και η Camille διαφωνούν στο πώς να διαχειριστούν το ζήτημα των αιχμαλώτων.

Το πλήρωμα προσεγγίζει ένα άλλο σκάφος με σπόρους και το Destiny προσαράζει μαζί του. Όλοι συνειδητοποιούν ότι μάλλον κρατάει το κλειδί για την επιστροφή τους σπίτι, αλλά παράλληλα κρύβει και ένα θανάσιμο κίνδυνο.

Καθώς ο Eli και η Camille ταξιδεύουν στη γη για να αντιμετωπίσουν κάποια προσωπικά τους ζητήματα, το πλήρωμα του Destiny συνειδητοποιεί ότι η Chloe έχει κυριευτεί από μία εξωγήινη νοημοσύνη που ζητά να μάθει τα πάντα για το διαστημόπλοιο.

Ο Scott μολύνεται από ένα επικίνδυνο φυτικό οργανισμό και δεν μπορεί να επιστρέψει πίσω στο Destiny καθώς φοβάται μην είναι μεταδοτικό. Καθώς το πλήρωμα προσπαθεί να βρει μια θεραπεία, όλο και περισσότερο πλησιάζουν αυτοί οι οργανισμοί.

O Young έχει εφιάλτες στους οποίους το Destiny καταστρέφεται από εισβολή εξωγήινων παρά τις υπεράνθρωπες προσπάθειες του.

Το Destiny συναντά έναν απομονωμένο εξωγήινο, ενώ ο Rush και ο Young επιβιβάζονται. Αργότερα, όμως, ο Young τα βάζει με τον Rush σχετικά με αυτά που κρύβει.

Ο Simeon σκοτώνει τη Dr. Amanda Perry, όταν εκείνη χρησιμοποιεί το σώμα της Ginn και δραπετεύει από το Destiny μέσω του Stargate σε έναν κοντινό πλανήτη. Ο Rush τον κυνηγάει προκειμένου να εκδικηθεί για το θάνατο της αγαπημένης του.

Ο Young πρέπει να αποφασίσει τι θα κάνει με όσους επέλεξαν να μείνουν στον ξένο πλανήτη. Η Chloe προσπαθεί να κάνει ανακωχή με τον Scott.

Το πλήρωμα προσπαθεί να ανακαλύψει αν υπάρχουν σημάδια ραδιενέργειας και πέφτουν πάνω σε ένα νεκροταφείο από πλοία, σημάδι ότι εκεί είχε γίνει μια σπουδαία μάχη. Την ίδια ώρα, ένας παλιός φίλος επιστρέφει στο σκάφος.

Το Destiny επιβιώνει της μάχης εναντίων των κηφήνων χάρη στη βοήθεια της Chloe, αλλά αμέσως μετά το πλήρωμα συνειδητοποιεί ότι δεν έχει άλλη επιλογή από το να παραδώσει τη Chloe στους πρώην απαγωγείς της.

Το πλήρωμα σκέφτεται να εγκαταλείψει το Destiny. Παρόλα’ αυτά και ενώ έχουν ξεκινήσει τη διαδικασία της εκκένωσης ο Rush έρχεται από το μέλλον για να τους πει ότι κάνουν λάθος.

Ο Camille και ο Sgt. Greer αλλάζουν σώματα, αλλά παγιδεύονται, όταν δέχονται επίθεση. Στο μεταξύ, ο γερουσιαστής αξιολογεί τη βιωσιμότητα του Destiny.

Καθώς προσπαθούν να επανακτήσουν επικοινωνία με τη Γη, το σώμα της Chloe κατακτιέται από μία ξένη δύναμη. Καθώς το πλήρωμα προσπαθεί να αντιμετωπίσει τη νέα κατάσταση, η Johansen βρίσκεται αντιμέτωπη με ένα ιατρικό δίλλημα.

O Richard Woolsey προσπαθεί να πείσει την Κυβέρνηση του πλανήτη Langara να συνεργαστούν με το Destiny αλλά οι Telford και Young υποψιάζονται ότι ήδη έχουν συνάψει συμμαχία με την Lucian Alliance.

Μια ομάδα από το Destiny δέχεται επίθεση στην προσπάθειά τους να εξερευνήσουν έναν ξένο πλανητη. Οι κάτοικοι του νέου αυτού πλανήτη, απαγάγουν δύο μέλη της ομαδας αυτής.

Στην προσπάθειά του το Destiny να αποφύγει μία επίθεση, εισέρχεται στο FTL και προσγειώνονται σε έναν πλανήτη στον οποίο κατοικούσαν παλιότερα οι πρόγονοι του πληρώματός του.

Όταν το πλήρωμα του Destiny επιστρέφει τους Teneran πίσω στο Novus, συνειδητοποιούν ότι ο πολιτισμός εκεί έπαψε να υπάρχει μετά από την έκρηξη ενός ηφαιστείου.

Όταν τα αεροσκάφη εμποδίζουν την πορεία του Destiny οι Eli και Rush υποχρεώνονται να οδηγήσουν το αεροσκάφος ενώ το υπόλοιπο πλήρωμα εκκενώνει έναν κοντινό πλανήτη.

Το πλήρωμα του Destiny θα πρέπει να πάρει μία τελική και ενδεχομένως μοιραία απόφαση, προκειμένουν να αποφύγει τα αεροσκάφη και να συνεχίσει την πορεία του ώστε να δώσει απαντήσεις σε όλα τα ερωτήματα.